Estudo do padrão de utilização de codons em sequencias genicas de eucalipto visando a maximização da produção de proteinas atraves da otimização das sequencias de DNA / Analysis of codon usage patterns of eucalyptus genomes for DNA optimization and enhanced protein expression

AUTOR(ES)

Marcelo Augusto Portugal Mattioli

DATA DE PUBLICAÇÃO

2008

RESUMO

O código genético é degenerado, o que permite que um mesmo aminoácido seja codificado por trincas de nucleotídeos distintas. Trincas de um mesmo aminoácido não ocorrem com a mesma freqüência, sugerindo que existe utilização preferencial de codons (codon usage bias). Diferentes organismos geralmente apresentam codon usage bias distintos e estas diferenças podem ser fatores limitantes na expressão heteróloga. Além do codon usage bias existem outros fatores presentes em um gene que podem influenciar a intensidade com que este é traduzido, dentre eles destacam-se: a constituição das regiões gênicas próximas ao códon de iniciação (contexto de iniciação) e a região terminadora da tradução (contexto de terminação). Nosso objetivo foi identificar a presença destes padrões em seqüências ESTs de eucalipto e gerar informações que permitam aumentar os níveis de produção de proteínas de interesse em eucalipto geneticamente modificado. Em concreto, foram alcançados os seguintes objetivos: Identificados os códons mais utilizados em eucalipto; Avaliada as variações na utilização do códon entre genes mais expressos e menos expressos e também entre genes expressos em diferentes tecidos; Identificados os padrões presentes nas regiões iniciadora e terminadora da tradução; Construído um software que indica as alterações necessárias na seqüência de DNA de qualquer gene que se tenha interesse em expressar em eucalipto; Desenhados e construídos genes sintéticos para futura validação in vivo da metodologia de otimização da tradução de proteínas de eucalipto desenvolvida e implementada no software.

ASSUNTO(S)

genes otimização genes sinteticos eucalyptus codon bias synthetic eucalipto optimization codons preferenciais

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