EXECUTION AND DATA AVAILABILITY CONTROL FOR APPLICATIONS ON BIOLOGICAL SEQUENCES: THE CASE OF BLAST / CONTROLE DA EXECUÇÃO E DISPONIBILIZAÇÃO DE DADOS PARA APLICATIVOS SOBRE SEQÜÊNCIAS BIOLÓGICAS: O CASO BLAST

AUTOR(ES)
DATA DE PUBLICAÇÃO

2006

RESUMO

Este trabalho consiste na criação de uma ferramenta provedora de dados para o BLAST, denominada BioProvider. Esta é usada para prover dados realizando um gerenciamento de buffer eficiente para o BLAST, controlando também o escalonamento dos processos do mesmo. A comunicação entre o BioProvider e os processos do BLAST, assim como o controle de concorrência e bloqueios, é feita por meio de um driver, que substitui as chamadas a funções de leitura e escrita de arquivos do banco de dados. Deste modo, o código do BLAST não precisa ser modificado para ser realizar a comunicação com o BioProvider e este pode ser usado para diferentes versões do BLAST. O desenvolvimento do BioProvider é a primeira etapa para a criação de uma solução aplicável também a outras ferramentas de Bioinformática. Por ser transparente aos programas, a ferramenta desenvolvida é facilmente extensível, podendo ser futuramente modificada para prover dados para outros aplicativos, usar outras estratégias de gerência de buffer ou prover dados armazenados em formatos diferentes dos lidos por processos clientes, convertendo-os em tempo de execução. O BioProvider foi testado com a versão recente do NCBI BLAST, obtendo consideráveis melhoras de desempenho, e seu funcionamento foi verificado também com a versão do WU-BLAST com código aberto. Foram realizadas análises de variações no algoritmo de gerenciamento de buffer e dos fatores que influenciam o desempenho dos processos BLAST.

ASSUNTO(S)

bioinformatics driver biologia computacional driver database gerencia de buffer bioinformatica banco de dados computational biology buffer management

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