Ferramenta de visualização interativa de comparação entre múltiplos genomas para a identificação de sintenias

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DATA DE PUBLICAÇÃO

2010

RESUMO

A genômica comparativa é uma área de pesquisa que tem como objetivo a busca de como dados genômicos podem estar relacionados entre diferentes espécies. Particularmente, o volume de dados disponibilizados em bancos de dados públicos permite a busca de sintenias entre múltiplos genomas. Um par de genes é dito sintênico quando estes se conservam dentro da mesma região do DNA. Os métodos comparativos ainda usam abordagens tradicionais, tais como alinhamento textual e o uso de heurísticas para acelerar as comparações. Eles produzem como resultado arquivos textuais, o que dificulta análises mais específicas, tais como a identificação de sintenias. Nesse sentido, é essencial o desenvolvimento de ferramentas de visualização de comparações entre múltiplos genomas que facilitem a identificação de sintenias. O objetivo deste trabalho é propor e implementar uma ferramenta computacional que implemente um novo método de visualização que permite identificar sintenias entre múltiplos genomas, a partir de um genoma não totalmente sequenciado. Essa ferramenta foi aplicada na identificação de sintenias no fungo P. brasiliensis. Essa nova ferramenta, denominada Syntainia, está sendo desenvolvida como um software livre e já está disponível para download em http://sourceforge.net/projects/syntainia.

ASSUNTO(S)

java bioinformatics bioinformática synteny visualization visualização sintenia java ciencia da computacao

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