Gerenciamento de workflows cientificos em bioinformatica / Management of bioinformatics scientific workflows
AUTOR(ES)
Luciano Antonio Digiampietri
DATA DE PUBLICAÇÃO
2007
RESUMO
Atividades em bioinformática estão crescendo por todo o mundo, acompanhadas por uma proliferação de dados e ferramentas. Isto traz novos desafios, por exemplo, como entender e organizar esses recursos, como compartilhar e re-usar experimentos bem sucedidos (ferramentas e dados), e como prover interoperabilidade entre dados e ferramentas de diferentes locais e utilizados por usuários com perfis distintos. Esta tese propõe uma infra-estrutura computacional para resolver tais problemas. A infra-estrutura permite projetar, re-usar, anotar, validar, compartilhar e documentar experimentos de bioinformática. Workflows científicos são os mecanismos utilizados para representar tais experimentos. Combinando pesquisa em bancos de dados, workflows científicos, inteligência artificial e Web semântica, a infra-estrutura se beneficia do uso de ontologias para permitir a especificação e anotação de workflows de bioinformática e para servir como base aos mecanismos de rastreabilidade. Além disso, ela usa técnicas de planejamento em inteligência artificial para prover as composições automática, iterativa e supervisionada de tarefas para satisfazer as necessidades dos diferentes tipos de usuários. Os aspectos de integração de dados e interoperabilidade são resolvidos combinando o uso de ontologias, mapeamento entre estruturas e algoritmos de casamento de interfaces. A infra-estrutura foi implementada em um protótipo e validada com dados reais de bioinformática
ASSUNTO(S)
workflow gerenciamento da informação fluxo de trabalho information management bio-informatics bioinformatica
