Atomistic Simulation
Mostrando 1-12 de 18 artigos, teses e dissertações.
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1. Implementação e testes de Métodos Monte Carlo para simulação de equilíbrio sólido-líquido / Development and tests of Monte Carlo methods for solid-liquid equilibrium simulation
O estudo a nível microscópico do Equilíbrio Sólido-Líquido (ESL) só se desenvolveu a partir do século XX e ainda existem aspectos de tal fenômeno que não são bem compreendidos, mesmo para os sistemas mais simples. Por esse motivo, é necessário que métodos eficientes para simular diretamente o ESL sejam formulados. O principal objetivo deste trab
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 05/07/2011
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2. Desenvolvimento de um software para simulação atomística de processos de microfabricação baseado em autômatos celulares. / Development of a atomistic microfabrication simulation software based on celullar automata.
O presente trabalho teve como foco o desenvolvimento de um software para a simulação de processos de microfabricação em substrato e de microfabricação em superfície baseado em autômatos celulares, o simMEMS. Além disso, visando a futura incorporação de ferramentas para análise das estruturas geradas pelo programa, um módulo com funcionalidades b
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 30/05/2011
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3. Simulações atomísticas de eventos raros através do método super-simétrico / Atomistic simulation of rare events via the super-symmetric method
Nesta dissertação abordamos o problema da escala temporal nas simulações atomísticas, focando no problema de eventos raros. A solução deste problema so e possível com o desenvolvimento de técnicas especiais. Especificamente, estudamos o método super-simétrico para encontrar caminhos de reação. Este metodo não apresenta as limitições comuns de
Publicado em: 2010
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4. Software development for atomistic simulation of anisotropic etching silicion by cellular automata. / Desenvolvimento de software para simulação atomística da corrosão anisotrópica do silício por autômato celular.
Nesse trabalho foi desenvolvido um software para simular a corrosão anisotrópica do silício, tendo como base o comportamento desta corrosão em soluções alcalinas (KOH). Esse software foi escrito na linguagem C++ para diversas plataformas e possui dois módulos básicos que são a Biblioteca de classes (denominada autosim) e uma Interface Gráfica (deno
Publicado em: 2008
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5. Atomistic simulation of rare events using Transition Path Sampling / Simulações atomisticas de eventos raros atraves de Transition Path Sampling
Nesta dissertação abordamos o estudo de uma das limitações da simulação atomística denominada o evento raro, quem é responsável pela limitação temporal, exemplos de problemas que envolvem os eventos raros são, o enovelamento de proteínas, mudanças conformacionais de moléculas, reações químicas (em solução), difusão de sólidos e os proce
Publicado em: 2007
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6. PROPRIEDADES ESTRUTURAIS E DE BULK DE CERÂMICAS DIELÉTRICAS Ba2BiM5+O6 INVESTIGADAS UTILIZANDO SIMULAÇÕES ESTÁTICAS / STRUCTURAL PROPERTIES OF INVESTIGATED BULK DIELECTRIC CERAMICS Ba2BiM5+O6 USING STATIC SIMULATIONS
In this work we have performed static atomistic simulations to investigate the structural and bulk properties of the complex double perovskites with rock-salt ordering with the Ba2BiM+5O6 stoichiometry, where M+5 = Ta5+, Sb5+ and Nb5+, under pressure changes. For this we have adopted a Buckingham potential model for the ionic interactions and the shell model
Publicado em: 2007
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7. SIMULAÇÕES ATOMÍSTICAS EM TRIFLUORETOS (REF3) E ÓXIDOS METÁLICOS MISTOS (RE(TiTa)O6) DE TERRAS-RARAS / ATOMISTIC SIMULATIONS IN TRIFLUORIDES (REF3) AND MIXED METAL OXIDES (RE (TiTa) O6) OF RARE-EARTH
In this work static atomistic simulations were performed to investigate two systems: rare-earth triuorides, REF3, with tysonite structure (RE = La, Ce, Pr and Nd) and rare-earth mixed metallic oxides, RE(TiTa)O6, with RE = Ce, Pr, Nd, Sm, Eu, Gd, Tb, Dy, Ho, Y, Er and Yb. In the rare-earth triuorides was investigated the pressure induced structural phase tra
Publicado em: 2006
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8. Atomistic simulation for difusion mechanisms investigation : self diffusion coeficient of simples gases in polymeric matrix / Simulação atomistica como ferramenta para investigação dos mecanismos de difusão : coeficientes de autodifusão de gases simples em matriz polimerica
In this thesis a study of the predictive potential of the molecular dynamic simulation was performed for transport properties of light gases in polyimide matrix. From de practical point of view permeability is the property of most interest, and involves kinetics as well as thermodynamics properties, diffusion coefficient and solubility of the penetrants mole
Publicado em: 2006
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9. REACH Coarse-Grained Normal Mode Analysis of Protein Dimer Interaction Dynamics
The REACH (realistic extension algorithm via covariance Hessian) coarse-grained biomolecular simulation method is a self-consistent multiscale approach directly mapping atomistic molecular dynamics simulation results onto a residue-scale model. Here, REACH is applied to calculate the dynamics of protein-protein interactions. The intra- and intermolecular flu
The Biophysical Society.
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10. Metallic single-walled silicon nanotubes
Atomistic computer-simulation evidences are presented for the possible existence of one-dimensional silicon nanostructures: the square, pentagonal, and hexagonal single-walled silicon nanotubes (SWSNTs). The local geometric structure of the SWSNTs differs from the local tetrahedral structure of cubic diamond silicon, although the coordination number of atoms
National Academy of Sciences.
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11. Dynamic mechanisms of the membrane water channel aquaporin-1 (AQP1)
Molecular-dynamics simulations were performed on the structures of the water channel aquaporin-1. The results provide an atomistic description of the interactions involved in the water permeation. Two major curvilinear pathways were identified. The simulations confirmed that the water selectivity is due primarily to the size-exclusion effect; i.e., maxi
The National Academy of Sciences.
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12. Testing protein-folding simulations by experiment: B domain of protein A
We have assessed the published predictions of the pathway of folding of the B domain of protein A, the pathway most studied by computer simulation. We analyzed the transition state for folding of the three-helix bundle protein, by using experimental Φ values on some 70 suitable mutants. Surprisingly, the third helix, which has the most stable α-helical str
National Academy of Sciences.