Biologia Molecular Computacional
Mostrando 1-12 de 50 artigos, teses e dissertações.
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1. Similaridade de sequências entre auto-proteínas da tireoide e poliproteínas do vírus da hepatite C: possível mecanismo de desencadeamento da tireoidite auto-imune
RESUMO Contexto - A exposição a antígenos virais que compartilham sequência de aminoácidos semelhantes a auto-antígenos pode provocar doenças auto-imunes em indivíduos predispostos geneticamente, e a teoria do mimetismo molecular sugere que o mimetismo entre epítopos de vírus e proteínas humanas pode ativar doenças auto-imunes. Objetivo - O ob
Arq. Gastroenterol.. Publicado em: 2016-09
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2. Desenvolvimento de modelo multidimensional de predição de peptídeos antimicrobianos utilizando um sistema de inferência neuro-fuzzy adaptativo (ANFIS)
Antimicrobial peptides (AMPs) are defense molecules widely distributed and represent a promising alternative for solving the problem of antibiotic resistance. Nevertheless, the experimental time needed to screen putative AMPs makes computational simulations based on peptide sequence analysis and/or molecular modeling extremely attractive. Artificial intellig
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 26/07/2012
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3. Smart execution of molecular docking simulations of a fully-flexible receptor model
Simulações de docagem molecular com modelos de Receptores Totalmente Flexíveis (FFR) estão adquirindo maturidade. No entanto, isto demanda atividades computacionais de paralelização para geração e execução de grande volume de dados que precisam ser analizados. Computação multi-tarefa é um paradigma atrativo e que vem sendo aplicado frequentement
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 12/04/2012
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4. FReMI: a middleware to handle molecular docking simulations of fully-flexible receptor models in HPC environments
Molecular docking simulations of Fully-Flexible Protein Receptor (FFR) models are coming of age. However, they are computer intensive and their sequential execution can became an unfeasible task. This study presents a middleware, called Flexible Receptor Middleware (FReMI), to assist in faster docking simulations of flexible receptors. FReMI handles intensiv
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 12/04/2012
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5. Um estudo sobre a predição da estrutura 3D aproximada de proteínas utilizando o método CReF com refinamento
Um dos principais desafios da Bioinformática Estrutural é entender como a informação decodificada em uma sequência linear de aminoácidos, ou estrutura primária de uma proteína, possibilita a formação de sua estrutura tridimensional. Muitos algoritmos buscam propor soluções para o problema complexo da classe NP-completo. Dentre eles, está o méto
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 22/03/2012
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6. Análise genético-evolutivas em espécies da família Calliphoridae (Diptera:Brachycera:Calyptratae) / Genetic and evolutionary analysis in species of the family Calliphoridae (Diptera: Brachycera: Calyptratae)
A superfamília Oestroidea (Diptera:Brachycera:Calyptratae), com +13.000 espécies descritas, compreende um dos grupos mais numerosos e ecologicamente diversos da ordem Diptera. O grupo possui grande interesse para atividades humanas por englobar espécies de importância médica, veterinária e forense, muitas das quais compõem a família Calliphoridae. Ap
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 15/02/2012
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7. Genoma comparison problems / Problemas de comparação de genomas
Esta tese aborda três aspectos da comparação entre genomas: primeiro, eventos de transposição; segundo, eventos de reversão e de reversão quase-simétrica; terceiro, estudo da distância entre genomas sem ligação com algum tipo específico de rearranjo. O estudo do primeiro aspecto, eventos de transposição, permitiu a criação de um novo algoritm
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 08/02/2012
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8. 3D-Tri : um algoritmo de indução de árvore de regressão para propriedades tridimensionais - um estudo sobre dados de docagem molecular considerando a flexibilidade do receptor
Com o avanço nos experimentos biológicos, a manipulação e análise do grande volume de dadossendo gerados por esses experimentos têm sido um dos desafios em bioinformática, onde umaimportante área de pesquisa é o desenho racional de fármacos (RDD - Rational Drug Desing). Ainteração entre macromoléculas biológicas, chamadas de receptores, e peque
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 17/01/2012
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9. Estudo da dinâmica de íons em canais iônicos
Canais iônicos são nanoporos aquosos formados por proteínas imersas na membrana celular. Sua função biológica básica é permitir o transporte de íons no sentido de seu gradiente eletroquímico. Dada a enorme quantidade de processos biológicos relacionados ao movimento iônico, a importância dos canais iônicos em biologia e medicina dificilmente po
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 2012
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10. GeraÃÃo de Facetas para Politopos de Conjuntos Independentes / Facet-generating Procedures for Stable Set Polytopes
Um conjunto independente de um grafo à um subconjunto de vÃrtices que nÃo contÃm nenhum par de vÃrtices vizinhos. O problema do maior conjunto independente consiste em encontrar um conjunto independente de cardinalidade mÃxima. O problema do maior subgrafo induzido k-partido consiste em encontrar k conjuntos independentes cuja uniÃo tenha cardinalidad
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 26/09/2011
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11. Desenvolvimento de um algoritmo para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas de estruturas tridimensionais de proteínas / Development of an algorithm to identify and characterize cavities in specific regions of three-dimensional structures of proteins.
The identification and characterization of geometrical and physical-chemical properties in protein vacant spaces aggregates important information for steering rational drug designing and functional characterization of binding and catalytic sites. Therefore, several softwares have been develop during the past two decades in order to perform such characterizat
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 25/05/2011
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12. Uso de estratégias baseadas em conhecimento para algoritmos genéticos aplicados à predição de estruturas tridimensionais de proteínas / Knowledge-based Approach to Genetic Algorithms for the Protein Structure Prediction Problem
Proteínas desempenham uma grande variedade de funções biológicas. O conhecimento da estrutura tridimensional proteica pode ajudar no entendimento da função desempenhada. De acordo com a hipótese de Anfisen, a estrutura terciária nativa de uma proteína pode ser determinada a partir da informação contida na sequência primária, o que permitiria que
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 20/05/2011