Gene Regulatory Networks
Mostrando 1-12 de 155 artigos, teses e dissertações.
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1. Gene regulatory network inference and analysis of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa
BACKGROUND Healthcare-associated infections caused by bacteria such as Pseudomonas aeruginosa are a major public health problem worldwide. Gene regulatory networks (GRN) computationally represent interactions among regulatory genes and their targets. They are an important approach to help understand bacterial behaviour and to provide novel ways of overcomi
Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Publicado em: 05/08/2019
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2. small ORFs: A new class of essential genes for development
Genes that contain small open reading frames (smORFs) constitute a new group of eukaryotic genes and are expected to represent 5% of the Drosophila melanogaster transcribed genes. In this review we provide a historical perspective of their recent discovery, describe their general mechanism and discuss the importance of smORFs for future genomic and transcrip
Genet. Mol. Biol.. Publicado em: 2015-09
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3. Expression analysis of miRNA and target mRNAs in esophageal cancer
We aimed to investigate miRNAs and related mRNAs through a network-based approach in order to learn the crucial role that they play in the biological processes of esophageal cancer. Esophageal squamous-cell carcinoma (ESCC) and adenocarcinoma (EAC)-related miRNA and gene expression data were downloaded from the Gene Expression Omnibus database, and different
Braz J Med Biol Res. Publicado em: 01/08/2014
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4. Dinâmica da Fermentação Alcóolica: Aplicação de Redes Booleanas na Dinâmica de Expressão Gênica em Linhagens de Saccharomyces Cerevisiae durante o Processo Fermentativo / Dynamics of alcoholic fermentation: application of Boolean networks in the dynamics of gene expression in Saccharomyces cerevisiae strains during fermentation process
Na busca por soluções que maximizem a produção de etanol, o melhoramento genético de diferentes linhagens de levedura tornou-se foco de investigação em diversos centros de pesquisa. Com o recente sequenciamento de uma linhagem selvagem utilizada nas usinas sucroalcooleiras brasileiras, a linhagem PE-2 da espécie Saccharomyces cerevisiae, surgiu o int
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 17/10/2012
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5. Rede Omega Virtual em FPGA com reconfiguração em tempo de execução: estudo de caso: cálculo de atratores em redes reguladoras de genes / Runtime reconfiguration on Virtual Omega Networks: case study: attractors in models of gene regulatory networks
As redes de interconexão multiestágio começaram a ser usadas na década de 50 em telefonia e continuam a ser usadas em muitas aplicações paralelas. Abordamos neste trabalho um estudo sobre as redes de interconexão Omega em FPGAs para desenvolvimento de arquiteturas paralelas e reconfiguráveis. Utilizando-as como uma camada virtual de reconfiguração
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 16/03/2012
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6. Inference of gene regulatory networks using the seed growing paradigm / Inferência de redes de regulação gênica utilizando o paradigma de crescimento de sementes
Um problema importante na área de Biologia Sistêmica é o de inferência de redes de regulação gênica. Os avanços científicos e tecnológicos nos permitem analisar a expressão gênica de milhares de genes simultaneamente. Por \"expressão gênica\ \ , estamos nos referindo ao nível de mRNA dentro de uma célula. Devido a esta grande quantidade de da
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 17/02/2012
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7. Functional characterization of sugarcane mustang domesticated transposases and comparative diversity in sugarcane, rice, maize and sorghum
Transposable elements (TEs) account for a large portion of plant genomes, particularly in grasses, in which they correspond to 50%-80% of the genomic content. TEs have recently been shown to be a source of new genes and new regulatory networks. The most striking contribution of TEs is referred as “molecular domestication”, by which the element coding seq
Genetics and Molecular Biology. Publicado em: 05/07/2012
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8. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações / Gene expression complex networks: synthesis, identification, analysis and applications
Os avanços na pesquisa em biologia molecular e bioquímica permitiram o desenvolvimento de técnicas capazes de extrair informações moleculares de milhares de genes simultaneamente, como DNA Microarrays, SAGE e, mais recentemente RNA-Seq, gerando um volume massivo de dados biológicos. O mapeamento dos níveis de transcrição dos genes em larga escala é
IBICT - Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia. Publicado em: 21/02/2011
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9. Characterization of the type 2A phosphatase regulatory protein, TIPRL and alpha4 / Caracterização das proteinas TIPRL e alfa4, reguladores de fosfatases 2A
Cells respond constantly to a variety of stimuli, which are interpreted and integrated through signaling networks, giving rise to biological responses. Defects in this circuitry are a cause of many diseases, including cancer. Protein phosphatases are enzymes which remove phosphate groups from kinase substrates, relying mainly on regulatory subunits for their
Publicado em: 2009
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10. Feature selection and intrinsically multivariate prediction in gene regulatory networks identification / Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica
Feature selection is a crucial topic in pattern recognition applications, especially in bioinformatics, where problems usually involve data with a large number of variables and small number of observations. The present work addresses feature selection aspects in the problem of gene regulatory network identification from expression profiles. Particularly, we
Publicado em: 2008
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11. Computationalmethods for the identification of transcriptional regulationmodules
Recent studies have demonstrated that biological networks display non-random characteristics, among which we highlight the modular architecture. In our thesis, we are interested in the modular organisation of transcriptional regulation networks (TRN), which model the interactions between genes and proteins that control their expression at the transcriptional
Publicado em: 2008
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12. Sinalização por carboidratos em cana-de-açucar e divergencia evolutiva / Sugar signaling in sugarcane and evolution diversification
Besides act as carbon primary source in the major types of cells, sugars produced by photosynthesis acquired important functions in the course of plant s evolution like controlling growth, development, and metabolism and acting in resistance to abiotic and biotic stresses like osmotic, energetic and response to pathogens. Sugars can be signals that active si
Publicado em: 2008